El PINS-EIB consideró la participación popular y el trabajo de los CEPOs como pilar de la gestión educativa y de su funcionamiento como proyecto. El objetivo fue promover la existencia de un canal de doble vía entre los encargados de formular políticas públicas para educación y las comunidades educativas en territorios con población indígena. En otras palabras, dar una respuesta positiva y pertinente a las legítimas demandas de las poblaciones indígenas, cuya lengua materna es un idioma originario andino. A través de la intervención de los CEPOs en la formación docente, se buscó no sólo conquistar nuevos y más espacios educativos para las lenguas y culturas originarias, sino además, dar voz a los pueblos indígenas y originarios para que hagan escuchar, dentro del Ministerio de Educación y los INS, su aún poco escuchada demanda por abolir la exclusión y la marginalidad. Los CEPOs fueron además un importante eslabón promotor de la relación entre los INS-EIB y las comunidades e instituciones del entorno, incluidas las municipalidades, en cuyo ámbito de acción funcionan los INS. Esto fortaleció su relación con el Ministerio de Educación y en consecuencia con el PINSEIB.
La creación de los CEPOs, como instancia representativa de las comunidades educativas indígenas, ha requerido la búsqueda de financiamiento externo para su funcionamiento orgánico con el Ministerio de Educación, las organizaciones de base los INS-EIB entre ellos, como articuladores de una educación intercultural y bilingüe conquistada por los pueblos originarios de Bolivia. Es así que, la asesoría de la GTZ en el PINS-EIB y en el PROEIB Andes y el equipo contraparte del VEIPS apoyaron a los CEPOs en la formulación de un plan global estratégico quinquenal (2001-2005). Ello fue posible gracias a la alianza estratégica establecida al respecto, entre la GTZ y la Embajada del Reino de los Países Bajos. Desde el año 2001 la GTZ, a través del PINS-EIB y del PROEIB Andes, forma parte del Basket Fund (Fondo Común), liderado por la embajada del Reino de los Países Bajos y que además integran la Embajada del Reino de Suecia, Cooperación Finlandesa y la GTZ.